Các thiết bị được yêu cầu tuân theo một giao thức để các đường ngắt (interrupt line) có thể được chia sẻ. Bus PCI bao gồm bốn đường ngắt, tất cả đều có sẵn cho mỗi thiết bị. Tuy nhiên, chúng không được nối dây song song như các đường bus PCI khác. Vị trí của các dòng ngắt xoay vòng giữa các khe, vì vậy những gì xuất hiện trên một thiết bị dưới dạng dòng INTA # là INTB # tiếp theo và INTC # đối với thiết bị sau đó. Các thiết bị đơn chức năng sử dụng INTA # của chúng để báo hiệu ngắt, vì vậy tải thiết bị được trải khá đồng đều trên bốn đường ngắt có sẵn. Điều này làm giảm bớt một vấn đề phổ biến với việc chia sẻ bị gián đoạn.

Việc ánh xạ các đường ngắt PCI lên các đường ngắt của hệ thống, thông qua cầu máy chủ PCI (PCI host bridge), phụ thuộc vào việc triển khai. Mã Hệ thống Đầu vào / Đầu ra (BIOS) cơ bản dành riêng cho nền tảng có nghĩa là biết điều này và đặt trường "dòng ngắt" (interrupt line) trong không gian cấu hình của mỗi thiết bị cho biết IRQ mà nó được kết nối.

Các đường ngắt PCI được kích hoạt theo mức (level-triggered). Điều này được chọn thay vì kích hoạt cạnh (edge-triggering) để đạt được lợi thế khi phục vụ một đường ngắt được chia sẻ và để mạnh mẽ: các ngắt được kích hoạt cạnh rất dễ bị bỏ sót.

Các bản sửa đổi sau của đặc điểm kỹ thuật PCI bổ sung hỗ trợ cho các ngắt được báo hiệu bằng tin nhắn message-signaled interrupts (MSI). Trong hệ thống này, một thiết bị báo hiệu nhu cầu dịch vụ của nó bằng cách thực hiện ghi vào bộ nhớ, thay vì xác nhận một đường dây chuyên dụng. Điều này làm giảm bớt vấn đề khan hiếm dòng ngắt. Ngay cả khi các vectơ ngắt vẫn được chia sẻ, nó không bị các vấn đề chia sẻ của các ngắt được kích hoạt ở mức độ. Nó cũng giải quyết vấn đề định tuyến, vì việc ghi bộ nhớ không bị sửa đổi không thể đoán trước giữa thiết bị và máy chủ. Cuối cùng, vì tín hiệu thông báo là trong băng, nó giải quyết một số vấn đề đồng bộ hóa có thể xảy ra với các dòng ghi và ngắt ngoài băng đã đăng.

PCI Express hoàn toàn không có đường ngắt vật lý. Nó sử dụng riêng các ngắt được báo hiệu bằng tin nhắn (MSI).